1645年(南明弘光元年，清二年)，任江阴典史期间，率十万义民，面对二十四万清军铁骑，两百余门重炮，困守孤城八十一天，使清军连折三王十八将，死七万五千人，史称江阴八十一日。

城破之日，义民无一降者，幸存者仅老幼五十三口。

阎应元被俘后坚决不向清廷贝勒下跪，被刺穿胫骨， 血涌沸而仆 ，终英勇就义。

崇祯十四年(1641年)，阎应元赴任江阴典史。

上任之初，海寇顾三麻子率数百艘战船进犯黄田港，应元领兵据守，连发三箭，皆有人应弦而倒。

海寇心惊胆战，不敢再犯。

他任内平定盐盗，平服民乱，政纪突出，江阴百姓感激他的恩德，在社学中为他画像留念。

南廷本想调他转任广东韶州英德县主簿。

因母亲病重，且道路堵塞，没能成行，全家便在江阴城外砂山脚下散居。

江阴抗清 弘光元年(1645年)，江阴降清，明朝知县林之骥解印去职，清知县方亨继任，循例颁布剃发令。

阴历六月二十八日乡耆何茂、邢觳、周顺、邢季、杨芳、、杨起、季茂、辛荣等人议请留发。

方亨破口大骂。

众人大怒，也骂道: 你身为大明进士，头戴纱帽，身穿圆领，来做鞑靼知县，不知道羞耻吗? 方亨羞愧不已，暂停所议。

闰六月初一日清晨，方亨以上香为名，召集地方诸生百余人及乡绅、百姓会于文庙。

众人问道: 现在江阴已尽归顺，应该没有什么事了吧? 方亨道: 只剩下剃发了。

刚才所差四兵，便为押人剃发之故。

众人道: 发可以不剃吗? 方亨道: 这是大清律法，不可违背。

说罢就回衙了。

诸生许用等人聚集不去，在明伦堂共同立誓道: 头可断，发决不可剃! 正在这时，常州府发来严令剃发的文书，其中有 留头不留发，留发不留头 的话。

方亨叫书吏把府文写成布告张贴，书吏写到这句话时，，把笔扔到地上说: 就死也罢! 消息很快传遍全城，立刻鼎沸起来。

方亨见士民不从，秘密报告常州府请上司派兵 多杀树威 。

这封密信被义民搜获，于是在初二日擒住方亨，斩杀清差,推典史陈明遇为首，以 大明中兴 为旗号，自称江阴义民正式反清。

江阴百姓抗清的消息传开以后，清常州知府宗灏派兵丁三百人赶来镇压，闰六月初五日被江阴义民歼灭于秦望山下。

其后江阴军民在陈明遇的带领下又多次打退小股清军的进攻。

同时严查城中奸细，宣布有能检举、抓获奸细的人，赏银五十两。

处决了私通的原县令方亨以及众多出卖情报、有投敌企图的奸细，有效的遏制了江阴内部的崩溃。

闰六月二十一日，清贝勒、大将博洛命降将刘良佐统重兵包围江阴城，二十四日，刘良佐作招降书一纸，从东城外射进。

江阴军民公议后，回书拒绝。

刘良佐见劝降无效，便四处捕杀城外义兵，企图断绝城内军民外援。

七月初一日，开始攻城。

城中严密防御，清兵箭如雨注，城上的人一手拿锅盖遮蔽，一手接箭，每天能得到箭三四百枝(一作三四十万)。

江阴形势的日益严峻，陈明遇虽，却自感缺乏军事组织才能，于是想起了智勇双全的前典吏阎应元，想推荐赋闲在家的他代替自己领导守城，因遭到守备顾元泌坚决反对，而不了了之。

七月五日的守城战斗中，元泌登城射敌，放出的箭每每射不到敌人就坠落在地，众人有所怀疑。

其后，他又命令马矮子偷窃火药从城上投给敌人，众人便把顾元泌捉住，同往他住所搜查，果然找到一道清兵文书。

于是处死了顾元泌及同犯四十人，从而断绝了清兵的内应。

陈明遇原想请阎应元主持担负守城重任，如今顾元泌被诛，他旧事重提，众人一致赞同。

陈明遇专门委派十六人连夜出城，到阎应元住所请他出山，应元道: 你们能从我则可。

不然，不为你们主持。

众人道: 敢不惟命是听? 十一日，清兵攻打阎应元镇守的北门，城上矢石如雨注，清兵不敢接近。

主帅刘良佐大怒，命令上将九员先驾云梯上城，城上以长枪刺之，上将五死四伤，有的身中三箭，有的被劈去头颅，有的堕下摔成齑纷，有的被火箭烧死。

主帅更怒，传令十营内选猛将几员，步军三万，扎云梯十张，来日分十处上城，如有退者立斩。

次日，清兵仍攻北门，城外放炮呐喊，三万军造浮桥十条，一齐渡过外城河，分十处登云梯上城。

阎应元指挥城上用砖石掷下，以长枪拒敌;一时间乱石纷飞，炮火连绵，双方死亡不计其数。

某满人大将自恃勇猛，穿着三层甲，腰悬两把刀，背背两把刀，手执双把刀，亲登云梯，跨上城垛，执刀乱砍。

城上守军用棺木抵挡，以枪刺其身，竟不能入。

有人喊道: 刺他的脸。

于是众人纷纷刺其面，一童子，持铁钩镰，用力钩断其喉管，竹匠姚迩割下他的头，满将身子堕落城下。

清兵齐来抢尸，城上梆鼓齐鸣，砖石小箭如雨点，清兵又伤亡千余人。

刘良佐命令军士索那满将的头，阎应元不允。

刘良佐愿意用银赎买，命人将银当面装入银鞘吊入城。

又命军士于城下哀号: 还我将军的头! 阎应元让人以蒲包裹一黄狗头，掷还之，将满将的头悬在城上。

刘良佐亲自带人在城下苦苦哀求，方把头扔下。

清兵拿了头回去，与身缝合，挂孝三日。

阎应元击退了北城的攻击，但知道不日清兵必有更大规模的攻击。

于是积极铸造守城工具，招青阳弩王黄鸣岗等千余人，入城造小弩千张、小箭数万枝，分派给守城军士。

又用季从孝所合火药敷在箭头上射人，见血立死。

弩长尺余，箭长五寸，百步之外，皆可命中目标。

又从狱中放出陈瑞之子，令他制造火砖、木铳。

火砖广三四寸许，着人即烧，木铳类银鞘，长三尺五寸、广二三寸，木制，中间藏有火药，敌人到来时，投下，机关暴发木壳崩裂，铁菱角飞出，触人即死。

阎应元还亲自制造挝弩，用一块铁，边上造几个钩子，后面栓着棉绳，抛出勾住敌人，近前斩之。

又模仿旧制，制造火球、火箭之类，无不精巧绝妙。

所以清兵虽多，每每望城兴叹，战栗无人色。

即使是满洲兵将也闻之胆落，每次攻城下来都要为幸免不死而大肆庆祝。

清兵攻城不利，又起劝降之念。

刘良佐亲作劝民歌，希望江阴投降，阎应元不从。

于是清兵在城下搭建牛皮帐篷，做好长期作战的准备。

十五日，清兵攻东北城，刘良佐命西南放炮，东北掘城，皆用山爬攻城，城内以火球、火箭抵抗。

清兵不敌欲退，良佐严令方止。

阎应元继续命城内投下砖石，清兵不及闪避，数百人死于城下。

良佐惭愧、惶恐。

于是搭设三层牛皮帐，守而不攻。

帐内有九梁八柱，矢石投在上面，都被反弹起来，不能进入。

阎应元下令用人粪，掺上桐油，煎滚浇下，牛皮烫穿，浇在清兵身上，肉烂而死。

没被烧着的清兵惊惶散去，城内用挝弩射向逃散的清兵，钩中者，即入城中袅首。

清兵手足无措，纷纷逃散。

敌营以为守城者杀下，命令发射木铳以御，反伤自己的马步卒无数。

无奈之下，刘良佐命令移营至邓墓。

在坚守的同时，江阴向四方请求援助，黄蜚、吴之葵领兵至太湖，与清贝勒博洛大军相遇，二人兵败被俘后，投降清朝。

海寇顾三麻子因敬慕阎应元的为人，率舟师来援，苦战三日后失败，扬帆远去。

此外，义阳王来援，败于砂山;秀才金矿会集精勇四百余人来援，被刘良佐以铁骑三千截在周庄左右，全军俱没。

外兵屡败，江阴沦为孤城。

即便如此，刘良佐心有余悸，不敢再攻城，只用火炮攻击北城，彻夜不息，城垛在炮火的轰击下塌陷数丈。

阎应元命石匠砌墙，匠危惧不前，阎应元言辞恳切，动之以情，石匠深受感动，于是冒死登城修葺城垛，使之牢固如初。

十四日，阎应元利用清军劝降之机，派城中老者，以奉送 降礼 为名,暗携火药进入清军营帐,炸死清军官兵两千余人。

十七日夜，阎应元挑选勇士千人出南门劫营，或执板斧，或执短刀，或用扁担，突入敌营，伤千余人。

及他营来救，应元兵已返回城中。

此役之后，刘良佐再次后撤，扎营在十方庵。

博洛见阎应元义不可动，发起总攻，分兵先抄断各镇救兵，以竹笼盛火炮，鼓吹前迎，炮手披红挂彩，限三日破城，二十日至二十七日，清兵轮番攻城不息，阎应元指挥防御，浴血奋战，终保江阴城池不失。

八月初，江阴民兵昼夜守御，甚感疲惫。

开始有人出城投降。

清兵在城外四处杀掠，民不聊生，为江阴百姓不齿，那些剃发投降的人，被城上看见，必然痛骂，即使是至亲也像仇敌一般。

阎应元见城防吃紧，遍取民间乱发，投城下诱敌。

清兵惊喜，报告刘良佐。

良佐道: 还不能相信，去观察一下守城的人剃发了吗? 清兵察探后，方知是诈降。

博洛久攻不下，心中焦急，于是重新劝降，称只要拔去大明中兴的旗号，四门悬挂大清旗号四面，只杀斩首事者数人，其余一概不论，即使不剃发，也会撤兵。

阎应元看出博洛的，遂道: 只斩我一人?我没有罪，凭什么杀我! 议不决而止。

博洛又称只要在四城竖起大清旗四面，也会立刻退兵。

阎应元情知有诈，仍不应。

前吴军门督军王海防至江上，宰牛杀羊与诸将起誓，称江阴归顺后绝对不许杀掠。

他自恃在江阴素有恩信，请缨来劝降，但临城招抚，却无人应和。

此后摄政王晓谕招安，博洛命人用箭射入城中，言明已亡，何苦死守?阎应元命人在书后补上: 愿受炮打，宁死不降! 射还给清兵。

清廷多次劝降，三城已经开始有人犹豫，但因阎应元镇守的北门誓死固守，众意遂绝。

被困既久，江阴城内伤亡惨重，战斗力日减，城中石灰断缺，不能乘夜修城。

饭米越来越少，只能靠征集民间的米以备缺乏，阎应元下令两日领一次米，不得预先领取。

前后，百姓携壶提觞登上城楼，举杯痛饮，诸生许用模仿楚歌，作《五更转曲》，让善歌的人登高传唱，以笙笛箫鼓相和。

当时天无纤翳，皓月当空，清露薄野，剑戟无声，黄弩、师鼓、胡琴于西城之敌楼，歌声悲壮，响彻云霄。

清兵争着靠前倾听。

或怒骂，或悲叹，甚有泣下者。

歌中唱道: 宜兴人，一把枪。

无锡人，团团一股香。

靖江人，连忙跪在沙滩上。

常州人，献了女儿又献娘。

江阴人，打仗八十余日，宁死不投降。

还有许多歌曲，但意思大致如此。

刘良佐针锋相对，命人作劝降词，让士卒相倚而歌，自己与幕僚在帐中饮酒，不一会儿，城上炮、箭齐发，遂散去。

二十一日，博洛令数百人，把二百余座大炮全部搬到花家坝，专打东北城。

铁子入城，穿透洞门十三重，树亦穿过数重，落地深数尺。

当日雨势甚急，外用牛皮帐护炮装药，城头危如累卵。

城上因敌炮猛烈，见燃火，即躲到围墙后面。

炮声过后，再登上城楼。

清兵看到这种情况，故意放空炮，并让炮中只放狼烟，烟漫障天，咫尺莫辨。

守城者只听炮声霹雳，认为清兵不能很快进入，而不知清兵已潜渡城河，从烟雾中蜂拥突上，众人来不及防御而崩溃。

江阴终于被攻陷了。

当清兵上城时，一队民兵对城列阵。

清兵怕有埋伏，僵持半日不敢进攻。

到黄昏时，城中鼎沸，民兵阵脚散乱，清兵才敢下城。

不屈而死 城破之时，阎应元端坐于东城敌楼之上，要了一支笔，在城门上提到: 八十日带发效忠，表太祖十七朝人物，十万人同心死义，留大明三百里江山。

题讫，带着千人上马格斗，杀死清兵无数，欲从西门突围而不得。

他环顾从者道: 为我谢百姓，吾报国事毕矣! 自拔短刀，刺胸血出，投在前湖中。

义民陆正先想把他从水中扯起，正赶上刘良佐遣兵来擒，良佐自称与阎应元有旧，要生擒他，于是清兵把他捞起绑住，没有杀他。

良佐踞坐在明佛殿，见应元来了，跃起，两手拍应元背而哭。

应元道: 有什么好哭的，事已至此，只有一死。

速杀我! 博洛坐在县署，急索应元至堂上。

阎应元挺立不屈，背向贝勒，骂不绝口。

一卒以枪刺他的小腿，阎应元血流如注，不支倒地。

博洛命人把他关到栖霞庵。

当夜，寺中僧人不停听到 速杀我 的声音，天明时，终遇害。

一月后，其子开草敛的棺木，换贵重棺椁迁葬通州，见其尸体面如生。

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