洪武二十五年(1392年)，其父朱标病死，朱允炆被立为皇太孙，明洪武三十一年(1398年)继位为帝，朱允炆在位期间增强文官在国政中的作用，宽刑省狱，严惩宦官，同时改变其祖父朱元璋的一些弊政，史称“建文新政”。

朱允炆于靖难之役后下落不明，时驸马都尉梅殷在军中，从黄彦清之议，为发丧，追谥孝愍皇帝，庙号神宗，壬午以后谥不行。至南明弘光元年(1645年)七月，以与显皇帝庙号复，改庙号惠宗，谥号为嗣天章道诚懿渊功观文扬武克仁笃孝让皇帝，后世称为明惠宗，清乾隆元年上谥号为恭闵惠皇帝，简称惠帝。

明惠帝建文皇帝朱允炆(1377—1402年)，明朝第二位皇帝。洪武三十一年(1398年)朱元璋死，因皇太子朱标已先病故，遂以皇太孙朱允炆即皇帝位。次年改年号为建文。在位4年。丧所不明。朱允炆生于太平之世，未经创业之艰，在位时间又短，于国家无重大作为。

朱允炆即位后，崇尚儒家仁政之说，一改朱元璋严政苛刑，“专欲以仁政化民”。改定律例，力纠洪武年间冤案、错案，使其统治期间的囚犯较之洪武年间减少2/3。免除各地拖欠租税，赈灾济民。令官府为民间卖子为奴者赎身。限制僧道占田数量，余田均与平民。

建文帝采取的这些措施，缓和了社会矛盾，对社会的安定产生了积极作用，一时政通人和。建文帝继位时，明开国初期朱元璋分封各地的亲王势力逐渐扩大,一个个凯觎皇权，威胁中央朝廷的统治。一贯仁柔的建文帝迫于无奈，采纳黄子澄、齐泰的建议，仿效西汉初年削藩之策，在不到一年时间里，削夺了5个亲王。

诸王不甘心就范，特别是早有践位野心的燕王朱棣(朱元璋第四子)，在作了充分准备后，以诛黄、齐“靖难”为名，用“恢复祖宗旧制”为旗号，起兵反叛，史称“靖难之役”。建文帝部署兵力，奋力平叛，历时4年。

最终由于有太监作内应，把守京城(南京)金川门的统帅李景隆和谷王朱橞等开门迎敌，燕王兵得入京师。其时，宫中大火冲天，燕王清宫3日，未觅得建文帝尸骨。朱棣一朝，不断地追寻建文帝下落，始终未得踪影，终成历史一谜。一说建文帝被宫中大火烧死;一说建文帝率臣下9人，从宫中地道逃遁后，削发易服为僧，皈依佛门，云游天下，不知所终